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Die Schlaubemühle war die erste Mühle, die an der Schlaube errichtet wurde.

1370  taucht die Mühle  zum ersten Mal in einer Urkunde Karl IV auf.  Zu dieser Zeit stand Abt Nikolaus dem Kloster Neuzelle vor.

1420 wird sie in den Unterlagen des Neuzellers Erbbuch als „mole zu Werchenow“ erwähnt. Sie war die erste Mühle, die das Wasser der Schlaube zum Antrieb des Mühlrades genutzt hat, um das Korn der Bauern zu mahlen.

Wirchenow lag am östlichen Hang des Wirchensees und die Mühle kam nach dessen Wüstlegung an das Dorf Treppeln. Der Stift Neuzelle teilte der Mühle Mahlgäste aus Bahro, Göhlen, Henzendorf, Kobbeln und Treppeln zu.

Bis 1600 wechselte die Mühle mehrmals ihren Besitzer.

1693 bis 1942 dem Tod des letzten Müllers auf Schlaubemühle, Gustav Lindner, befand sich die Mühle im Besitz der Lindners.

Nach dem Zweiten Weltkrieg diente die Schlaubemühle als Gasthaus bis sie in den 1970er Jahren in Staatsbesitz überging.

Im Jahr 1993 wurde auf dem Gelände ein Naturschutz-Informationszentrum des Bundes für Umwelt und Naturschutz Deutschland e.V. (BUND) eröffnet.

Seit 1998 ist der BUND Landesverband Brandenburg Eigentümer des Areals. Bis Ende Mai 2009 wurde es vom Verein Naturschutz-Zentrum Schlaubemühle e.V. betrieben. Heute wird die Schlaubemühle vom BUND Brandenburg bewirtschaftet und dient den naturinteressierten Besuchern des Schlaubetals als Anlaufstelle.